1 апреля 1942 г. Постановлением Председателя Государственного комитета обороны И. В. Сталина было организовано Специальное конструкторское бюро Наркомата судостроительной промышленности СССР (СКБ НКСП).

В конце 1942 г. СКБ НКСП был преобразован в Морской научно-исследовательский институт №1 (МНИИ №1). Первоначально при организации СКБ НКСП на него возлагалась разработка минно-торпедного оружия.

В августе 1945 г. на основании Приказа Наркома Судостроительной промышленности был создан Ленинградский филиал СКБ. Профиль работ и структура Ленинградского филиала СКБ были аналогичными московскому Бюро.
В годы Великой отечественной войны и послевоенные годы МНИИ №1 было создано несколько десятков самых современных по тому времени систем управления стрельбой торпедным и артиллерийским оружием, которыми были вооружены практически все типы кораблей. В дальнейшем научно-исследовательские и экспериментальные работы, проводимые МНИИ №1, позволили создать системы управления стрельбой, которые обеспечили безопасный старт крылатых ракет с различного типа кораблей и при любых погодных условиях на море.

В 1960 г. МНИИ №1 был преобразован в Центральный морской научно-исследовательский институт.

В 1972 г. был образован Центральный научно-исследовательский институт «Агат» (ЦНИИ «Агат»).
Главным направлением деятельности ЦМНИИ, а потом и ЦНИИ «Агат» стала разработка средств цифровой вычислительной техники для различных морских объектов и создание на ее основе автоматизированных систем управления боевой деятельностью подводных лодок и надводных кораблей.

В 1978 г. на базе ЦНИИ «Агат» было образовано мощное Научно-производственное объединение «Агат» (НПО «Агат»), в которое вошли ЦНИИ «Агат», Опытный завод «Агат», Ереванский филиал ЦНИИ «Агат» и Ереванский приборостроительный завод «Базальт». За выдающиеся успехи в укреплении обороноспособности страны и успешную работу по разработке радиоэлектронного вооружения для Военно-Морского Флота НПО «Агат» было награждено орденом Ленина.

В 2004 г. в соответствие с Указом Президента Российской Федерации от 3 февраля 2004 года №134 «Об открытом акционерном обществе «Концерн «Моринформсистема-Агат», на базе ФГУП «НПО «Агат» создано ОАО «Концерн «Моринформсистема-Агат», в которое вошли Научно производственное объединение «Марс», Центральный научно-исследовательский институт «Курс», Производственное объединение «Бином» и Научно-производственное предприятие «Калужский приборостроительный завод «Тайфун».

В 2007 г. в соответствие с Указом Президента Российской Федерации от 21 марта 2007 года №397 «О развитии открытого акционерного общества «Концерн «Моринформсистема-Агат» в состав ОАО «Концерн «Моринформсистема-Агат» вошли Производственное объединение «Комета», Научно-производственная фирма «Меридиан», Завод «Изумруд», Конструкторское бюро «Аметист», Завод «Топаз» и Завод «Салют».

В 2009 г. в соответствие с Указом Президента Российской Федерации от 24 августа 2009 г. №971 «О дальнейшем развитии открытого акционерного общества «Концерн «Моринформсистема-Агат» в состав ОАО «Концерн «Моринформсистема-Агат» были включены Завод «Электроприбор», Камчатский гидрофизический институт, Научно-исследовательский институт «Атолл».